표준 코돈표 codon - Genetic code

 

 

표준 코돈 - 아미노산 표..  codon  -> 또는 Triplet code 라고도 불린다.

 

 

http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_code

 

위키 codon  -  Genetic code

 

중간에 STOP 이라고 되어있는 부분은

mRNA의 종결코돈들로 방출인자 (Release factor) 가 이 부분을 읽고 tRNA , 리보솜, mRNA, 번역된 폴리펩티드 아미노산(단백질) 들을 한번에 분리시키는 거임..

 

참고로 mRNA 시작코돈은 AUG / tRNA 시작 충전코돈은 UAC 임 (안티코돈)

 

http://campus.queens.edu/faculty/jannr/Genetics/images/codon.jpg

 

http://www.biologycorner.com/resources/codon.gif

http://rst.gsfc.nasa.gov/Sect20/A12.html

 

코돈표 링크

 

 

 

http://en.wikipedia.org/wiki/Transfer_RNA

 

 

  

http://library.thinkquest.org/04apr/00217/images/content/ribosome.jpg

 

 

Wobble hypothesis 또는 Wobble rlue

 

wobble base pair 는 정확하지 않아도 대충 결합할 수 있는 느슨한 base pair를 말햔다.

Wobble hypothesis는 Crick이 제시한 가설인데, 생화학 수준에서의 분자간 힘으로 보아 anticodon이 codon을 인식하는 과정에서 tRNA의 anticodon loop에 위치한 3개의 염기 중 3번째의 자리에 있는 염기가 둘 이상의 염기를 인식할 수 있을 것이며, 따라서 두 가지 이상의 codon이 같은 아미노산을 암호화할 것이라는─달리 말하면 유전암호가 축퇴되어있다degenerate는─가설이야. 이 가설은 실제로 검증되었지
(무신갤 기난 흉 댓글 참조)

 

위의 표준 코돈표만 봐도 한 아미노산에 사용되는 코돈이 2개 이상인 경우가 상당히 많다.

 

각 tRNA는 1개의 아미노산을 운반하기 때문에 20개의 아미노산에 대하여 적어도 20개의 tRNA가 필요하다. 반면 인식될 코돈 조합은 64개여서 어떤 아미노산은 1개 이상의 코돈이 있다 (실제로 2개 나 4개), 그리고 세포 속 tRNA 코돈은 64개가 아닌 31~33개 이다. 그래서 어떤 tRNA는 1개 이상의 코돈을 인식하고 또한 모두 하나의 아미노산을 암호화 할 수 있다.

상보적인 염기들만이 염기쌍을 형성할 수 있는데 어찌 하나의 안티코돈을 가진 tRNA 주제에 하나 이상의 코돈을 읽을 수 있나?
이것은 살짝 속이는 방법을 쓰는 것이다. 이것이 위에 설명한 바로 Wobble rlue = wobble base pair 이다. 이것은 안티코돈 / mRNA 코돈에만 적용되는 덜 정밀한 느슨한 결합의 염기 결합 규칙이다.

DNA 염기에서 A-T , C-G 끼리 상보( complementary ) 결합이란 건 이미 다 알고 있을 것이다.
tRNA 안티코돈의 첫번째 염기랑 MRNA 세번째 염기는 약간 염기결합이 덜 정확하다. 예를 들면,
안티코돈의 첫 번째 염기가 G 라면 정상적으로는 C와 결합해야 하지만 워블 방식으로는 U 와도 결합할 수 있다. 그러므로 히스티딘 아미노산을 위한 tRNA 안티코돈은 GUC 인데 이것은 CAC 와 CAU 모두 를 인식한다.  아미노산이 2개의 코돈에 의해 암호화 되는 경우 언제나 코돈의 세 번째 염기는 U 와 C 또는 A 와 G 이다.  비슷하게 4개의 코돈이 있는 특권을 가진 아미노산은 2~3개의 이러한 짝을 가진 것으로 여겨진다.

 

원래 전사된 RNA 종류들은 보통 AGCU 4개의 염기조합을 가지지만 tRNA는 특이하게도 이상한 염기 이노신 ( Inosine , I ) 을 지니고 있고 이 I 는 다른 염기들 U,C,A 와  결합할 수 있다.

참고로 tRNA 가 자기 머리에 아미노산 (첫 번째는 메티오닌) 을 붙이는 과정은 tRNA 에 아미노아실 tRNA 합성효소 ( aminoasyl tRNA synthetase ) 라는 이름도 외우기 힘든 효소에 의해 충전된다. 아미노산이 결합된 (충전된) tRNA 를 충전된 tRNA ( charged tRNA ) 라고 한다.

 

 

tRNA 첫번째 염기	정상 mRNA 코돈 세번째 염기	워블 mRNA 코돈 세번째 염기
G	C	U
U	A	G
I	-  없ㅋ엉ㅋ	C, U, A
C	G 만	-  없ㅋ엉ㅋ
A	U 만	-  없ㅋ엉ㅋ

 

 

워블 규칙에 의한 돌연변이를 세 번째 염기중복 ( three base redundancy ) 이라고 하는 건데 기본 원리는 똑같다.. 하나의 아미노산이 여러개의 코돈을 가진다는 것 - RNA 코돈 세 번째 염기와 tRNA 안티코돈 특성 때문에 코돈에서 처음 2개 염기서열 제외하고 나머지 1개(세번째)의 염기서열은 랜덤이다.

예를 들어 GCU, GCC, GCA, GCG 이 4개 모두 [알라닌] 이라는 아미노산을 암호화한다.그러니까 GC?(=? 자리는 4개 염기 중 하나) 가 되는 것이다. 

세 번째 염기 마지막에 어느 것이 와도 문제가 안된다.즉 , 때로 돌연변이가 유전자의 단백질 암호화 영역에 있다 하더라도 잠재적일 수 있으며 인트론 , 엑손 상관없이 잉여(?)스럽습니다 => 참고로 여기서의 코돈은 RNA 코돈 기준입니다..

DNA는 4종류의 염기 배열의 정보들로서 이루어져 있습니다.
A-G-C-T-A-A-A-G-G-G-C-C-C-T-T-T...
A 는 아데닌, G는 구아닌, C는 시토신, T는 티민을 가리킵니다.
DNA 배열의 상당부분이 사용되지 않는 것이지만, 사용될 경우에 이 배열은
단백질을 생성하는 정보로 쓰입니다. 세 개의 DNA 코드가 하나의 아미노산의
종류를 결정합니다. 아미노산의 종류는 총 20개이지만 3개의 DNA 코드가
만들어 내는 총 배열의 수는 4^3 = 64개입니다. 따라서 여러개의 DNA염기
배열이 하나의 아미노산에 대응되어야 합니다. 대부분의 아미노산의 경우
세개의 DNA 배열중 마지막 세번째가 아무 의미를 갖지 않습니다.
(Wobble hypothesis) /  ( three base redundancy )

 

즉, 발라닌[ = 발린] (G-T-?)과 알라닌 (G-C-?)이란 아미노산을 만들기 위해서는
G-T-?-G-C-? 의 염기배열이 필요합니다. ? 의 위치에는 어떤 배열이 와도
아미노산은 동일하게 생성됩니다. 쉽게 말하면 세번째 DNA 코드는
대부분 아무런 정보없이 단순히 자리만을 차지하고 있다고 보면 됩니다.

 세번째 염기처럼, DNA의 3분의 1이상이 사실은
쓸모없는 자리만을 차지하고 있다고 한다면 얘기는 달라집니다. 단지 자리만을
차지하고 있는 DNA의 배열이 동일하다는 것은 중요한 의미를 갖습니다. 그것은
두 종의 DNA의 기원이 동일하다는 증거가 됩니다. 인간과 침팬지는 단순히
동일한 기능을 가진 측면으로만 유사한 것이아니라, 전혀 기능이 없는 여분의
정보에서까지도 유사합니다. 바로 이러한 쓸모없는 흔적이 DNA가 갖는 분자
생물학적 증거에 가치를 부여합니다. DNA는 가장 쓸모없는 진화의 자취를
고스란히 보존하고 있는 가장 훌륭한 흔적기관입니다

 

코돈표 => 알기 쉽고 재미있는 분자생물학 3판 p. 69

워블 규칙 => 알기 쉽고 재미있는 분자생물학 3판 p. 71 ~ 72

tRNA 설명 => 동일한 책~~ ^^ p. 70~75 페이지

세번째 염기 중복 => 알기쉽고 재미있는 분자생물학 3판 p. 154

 

http://en.wikipedia.org/wiki/Inosine

 

http://en.wikipedia.org/wiki/Wobble_base_pair

위키 워블 설명

 

http://cms.daegu.ac.kr/sgpark/molecular%20biology/분자생물학.htm

http://cms.daegu.ac.kr/sgpark/molecular%20biology/Translation.htm

http://blog.naver.com/ohryan77/60064261543

시스트론, 오페론, 엑손, 인트론, 스플라이싱 설명

 

 

[ 여담 하나 ]

 

< 블로그 이웃 글 발췌 > ( 원본 글 모지리 님  / 버둥이 님 )

 

http://blog.naver.com/iiai?Redirect=Log&logNo=105319158

 

이번 '버둥이' 님의 소계로 보게된 Endogenous non-retroviral RNA virus elements in mammalian genomes  네이쳐 저널을 보았는데 유전자 발현의 강력한 증거가 또 하나 발견됬더군요

http://www.nature.com/nature/journal/v463/n7277/full/nature08695.html

인간의 유전자내에는 사실 인간 개인이라는 생물이 돌연변이로 진화해 온 유전자만 있는것이 아닙니다.
바이러스가 인간에 들어왔을때 바이러스 자신의 유전정보를 슬쩍 숙주의 게놈 서열에 집어넣어서 숙주의 유전정보 발현을 빌려와서 사용합니다. 그렇게 해서 사람이 바이러스에 걸렸을때 다른 이들에게 전염이 되는것이지요 ..
요점은 이 과정에서 숙주의 유전자 내에 남아 버려 다음 자손으로 유전되는 서열이 생깁니다. 바이러스의 그 많은 유전자 정보가 통채로 숙주의 유전자 내에 들어온다는 것을 관리자(한.진.연 관리자)님은 도저히 이해를 하시지 못하겠죠.. (돌연변이 5개 정도 나오면 생물이 죽어 버릴껏이라고 우겨대던 당신이니까..)

이렇게 해서 게놈 서열에 기록을 남기는 '레트로 바이러스' 에 대한 설명은 오래전에 한번 드렸을 껍니다.


과거 얘기...
레트로 바이러스가 진화의 증거가 되는 이유
레트로 바이러스가 유전자 내에서 기록을 남기는 것은 거의 무작위 적이기 때문에 이것이 숙주의 후손으로 유전이 되려면 반드시 생식세포내에의 유전자에 기록을 남겨야 합니다. 이것에 대한 확률은 관리자 님이 제일 잘 알고 있을껍니다. 이러한 바이러스 유전자 기록이 유전자 내의 완전 같은 위치에 존제 하는 두 종의 동물이 있다면 이는 "공통조상" 을 의미하는 것이 됩니다. 그리고 이에 대한 연구결과는 다음과 같았습니다.

연구결과
인간에 있어서, 내생 레트로바이러스는 전체 게놈의 1%에 해당하며, 전제 다 합하면 약 30,000개 가량의 서로 다른 레트로바이러스가 각 개인의 게놈 DNA에 박혀 있습니다(Sverdlov 2000). 최소한 7개의 서로 다른 공통 레트로진 삽입 사례가 침팬지와 인간 사이에 밝혀졌으며, 이 숫자는 두 유기체의 게놈 서열이 알려지면서 더 증가하고 있습니다(Bonner et al. 1982; Dangel et al. 1995; Svensson et al. 1995; Kjellman et al. 1999; Lebedev et al. 2000; Sverdlov 2000). 그림 4.4.1은 인간을 포함한 몇몇 영장류들의 계통발생수로, 이들 영장류들의 게놈에서 많은 공유 내생 레트로바이러스를 밝혀낸 최근 연구 결과로부터 얻은 것입니다. (Lebedev et al. 2000). 화살표는 숙주로 바이러스 DNA가 삽입된 시간을 상대적으로 나타낸 것입니다. 삽입점 이후의 모든 오른쪽으로 향하는 가지는 이들 레트로바이러스 DNA를 가지고 있습니다. 이것은 한번 어떤 유기체의 생식세포에 삽입되면 그로부터 유전된다는 사실을 반영하고 있습니다



다시 이번 네이쳐 문서로 돌아와서...
네이쳐지에 따르면 과거에 제가 올렸었던 레트로바이러스 연구 결과 와는 달리 인간게놈의 8%가 레트로 바이러스 의 정보가 차지하고 있다고 합니다. 그리고 2010년 1월 7일의 네이쳐 보고에 따르면 보르나바이러스 라는 바이러스가 동물의 게놈 서열에 남긴 정보인 Borna-like N(EBLN) element 서열이 발견되었다고 합니다.

이 발견의 환상적인 점은 이 바이러스가 남긴 서열은 남긴 DNA 정보가 자체  발현된다는 점입니다.
즉 바이러스가 남겼던 유전자 정보는 현제 ORF (open reading frame)을 갖고 있어서 mRNA로 발현까지 되는 충격적인 발견을 한것입니다.

이는 무슨 소리냐하면 mRNA로 발현하지 않았던 즉 관리자가 흔히 말하는 '조절 능력'을 갖지 않았던 서열이 바이러스 숙주내의 진화과정을 통해서 바이러스의 기록 DNA가 발현 기능이 생겼다는 뜻이 됩니다.



Retroviruses are the only group of viruses known to have left a fossil record, in the form of endogenous proviruses, and approximately 8% of the human genome is made up of these elements1, 2. Although many other viruses, including non-retroviral RNA viruses, are known to generate DNA forms of their own genomes during replication3, 4, 5, none has been found as DNA in the germline of animals. Bornaviruses, a genus of non-segmented, negative-sense RNA virus, are unique among RNA viruses in that they establish persistent infection in the cell nucleus6, 7, 8. Here we show that elements homologous to the nucleoprotein (N) gene of bornavirus exist in the genomes of several mammalian species, including humans, non-human primates, rodents and elephants. These sequences have been designated endogenous Borna-like N (EBLN) elements. Some of the primate EBLNs contain an intact open reading frame (ORF) and are expressed as mRNA. Phylogenetic analyses showed that EBLNs seem to have been generated by different insertional events in each specific animal family. Furthermore, the EBLN of a ground squirrel was formed by a recent integration event, whereas those in primates must have been formed more than 40 million years ago. We also show that the N mRNA of a current mammalian bornavirus, Borna disease virus (BDV), can form EBLN-like elements in the genomes of persistently infected cultured cells. Our results provide the first evidence for endogenization of non-retroviral virus-derived elements in mammalian genomes and give novel insights not only into generation of endogenous elements, but also into a role of bornavirus as a source of genetic novelty in its host.

 

http://bms.ucsf.edu/journalclub/2009-10/gemmel.pdf

 

Endogenous non-retroviral RNA virus elements in mammalian genomes

 

논문 파일 링크
  

 

간을 비롯한 포유동물의 게놈 내에 RNA 바이러스의 한 종류이며 뇌신경세포 등에 감염되기 쉬운 보르나병 바이러스 (Borna disease virus; BDV)의 유전자가 삽입되어 있다는 사실을 발견했다고 2010년 1월 7일자 보도를 통하여 발표했다. 이것은 레트로바이러스 이외에의 바이러스 화석 (virus fossil record)이 인간의 게놈 상에 존재한다는 사실을 최초로 밝힌 연구 성과이다.

생물체는 진화와 더불어 세포에 감염된 레트로바이러스의 유전자를 게놈에 삽입시킴으로 인해 비약적으로 게놈의 다양성을 확대시킬 수 있었다고 추측되었는데, 세포의 게놈 상에 삽입된 이들 바이러스 유전자는 과거에 바이러스가 감염된 흔적이라는 점에서 “바이러스 화석”이라고 불린다. 레트로바이러스의 경우 인간 게놈의 약 8% 가량을 차지하고 있으며, 태반형성 및 면역 기능의 향상과 같은 좋은 면은 물론 정신분열증, 류마티스관절염을 비롯한 암과 같은 다양한 질병과 관련되어 있다고 알려져 있다.

연구팀은 감염세포의 핵 내에서 지속 감염하는 특징을 갖는 RNA 바이러스인 BDV를 대상으로 바이러스의 N 단백질 (nucleoprotein)을 코딩하는 유전자를 데이터베이스 상에서 검색한 결과, 인간 유래의 2가지 예측 단백질을 동정하였다. 이들 단백질은 BDV의 N 단백질과 각각 41%의 상동성을 보였으며, 유전자의 양쪽 말단에서 관찰되는 시그널 서열이 보존되어 있다는 사실을 발견하였다. 이들 단백질을 코딩하는 유전자를 EBLN (Endogenous Borna-like N)이라고 명명하고, 데이터베이스 검색을 통하여 영장류를 포함한 설치류, 코끼리 등의 다양한 포유동물의 게놈에서도 EBLN가 존재한다는 사실을 발견하였다. 또한, 계통수 해석 (phylogenetic tree analysis)을 통해 이 바이러스의 감염이 약 4천만년 전까지 거슬러 올라간다고 추정하였다. 이것은 이제까지 알려진 RNA 바이러스의 감염 사례 중에서 가장 오래된 것이다. 연구팀은 BDV를 감염시킨 세포에서 유전자가 역전사되어 세포의 게놈에 삽입된다는 사실도 증명하였다.

이번 연구성과는 레트로바이러스 이외의 바이러스가 생물의 게놈에 내재한다는 사실을 밝혀냄으로써 RNA 바이러스와 진화의 관계를 풀어나갈 실마리를 제공하는 것은 물론 보르나병 바이러스의 감염 기작을 연구함으로써 바이러스에 감염에 대한 방어책의 발견은 물론 유전자 치료에의 응용, 즉, 신경세포로의 유전자 전달 시에 벡터로써의 응용 등 새로운 치료법 개발로 이어질 수 있을 것으로 기대된다.

위 연구 성과는 영국의 과학잡지인 “Nature”에 2010년 1월 7일자 (영국시간)로 게재되었다.

 

관련 사이트 / 포스트 링크

 

http://www.sciencenews.org/view/generic/id/52925/title/Bornavirus_genes_found_in_human_DNA

 

http://miso.yeskisti.net/technic/technic_v.jsp?num=3&menu=BM&record_no=30993

 

http://www.sciencedaily.com/releases/2010/01/100107103621.htm

 

http://www.jst.go.jp/pr/announce/20100107/index.html

 

 

 

http://blog.naver.com/ohryan77/60092470647
인간과 침팬치의 DNA 유사성 연구비교   -> 이 포스트 한 번 더 써먹을 듯 ㅋㅋ

 

http://rathinker.co.kr/creationism/comdesc/section4.html
여기 목록 중에...

 

http://rathinker.co.kr/creationism/comdesc/section4.html#retroviruses

내제된 레트로 바이러스 목록 참조 -> 레싱커 도 최고~~

 

[ 용어 설명 ]

 

 ORF (open reading frame)

 

실질적 유전부위 또는 열린 번역틀 (ORF =Open Reading Frame) 은 exon과 intron이라는 부위를 말한다. 가장 간단하게 이야기하면 initiation codon[ATG]에서stop codon (TAA, TAG or TGA)까지의 배열 - 즉 특정한 유전자를 단백질로 번역할 수 있는 특정 단편 길이의 mRNA 염기서열 또는 그에 상응하는 DNA 염기서열을 말한다. 하나의 ORF에는 엑손이 여러개이다. 하지만 주로 스플라이싱 과정을 거치고 인트론이 제거되고 남은 엑손의 조합을 ORF 라고 한다.

DNA의 정보가 RNA로 전사된 후 핵 밖으로 나가 리보솜에 의해 번역된다는 것은 알 것이다. 핵속에서 전사된 미성숙 mRNA는 5’쪽 머리에 메틸 구아닌 이라는 캡 모자를 씌우고(capping), 3’쪽 꼬리에 아데닌을 열라 많이 이어붙히고(polyA tailing), 스플라이싱(splicing)과정을 거쳐 성숙한 RNA가 돼 핵 밖으로 빠져 나온다.

 

이러한 세 종류의 변환과정이 DNA로부터 비롯된 코돈(codon: DNA상의 세개의 염기는 하나의 아미노산을 코딩하고 이를 코돈이라 부르고 단백질로 번역될 때 이를 프레임을 맞춘다라고 표현한다. 세개의 염기가 하나의 아미노산을 코딩하기 때문에 세 종류의 프레임이 존재할 수 있고 이 중 제대로 된 단백질로 번역되는 프레임을 ORF:Open Reading Frame이라고 부른다)를 보존하는 반면 RNA편집과정은 RNA 상태에서 이를 다른 코돈으로 편집할 수 있다. DNA의 정보가 단백질 혹은 RNA로 발현되는 방법은 매우 간접적이라는 것이 밝혀졌고, 유전자 정보가 모두 DNA안에 있다는 것도 재고의 여지를 남기게 됐다. RNA편집 현상은 DNA에는 존재하지 않는 정보를 스스로 창조하는 것이기 때문이다.

또한 엑손간의 접합을 도와주는 것 외에는 별다른 기능이 없을 것이라 여겨졌던 인트론 안에도 유전자가 존재한다는 것이 밝혀졌다. 마이크로RNA(miRNA: 미르)들 중에는 인트론 안에 존재하는 것들도 있다.

물질로서의 유전자(생화학적 전통으로부터 기인된)와 기능으로서의 유전자(유전학적 전통으로부터 기인된)는 합쳐진 것으로 보였다. 그것이 전통적인, 그리고 현재까지도 대다수의 분자생물학자들에게 이해되는 ‘분자로서의 유전자(분자유전자)’ 개념이었다. 때때로 단백질로 정보가 번역되지 않고 기능을 갖는 RNA(tRNA, rRNA, snRNA, siRNA)들이 발견됐지만 전통적인 분자유전자 개념에 큰 위해가 되지는 못했다.

유전자란 형질에 영향을 미치는 염색체상의 일부 DNA 절편에 한정돼 버렸고, 고전 유전학에서 멘델의 유전법칙을 따르는 다른 염색체의 부분들은 제외됐다. 예를 들어 조절유전자 부위(프로모터 promoter, 인헨서 enhancer, 사일런서 silencer )는 전통적인 유전학에서 분명히 멘델의 법칙을 따르지만 분자유전자라는 개념에서는 제외된다. 하지만 분자생물학자들에게 그런 개념적 모호함은 별 문제가 되지 않았다. 대부분의 분자생물학자들이 실용주의자였기 때문이다. 그리고 이러한 실용주의는 잠정적이고도 충분한 성공을 거뒀다.

하지만 상황이 조금씩 복잡해지기 시작했다. 1970년대 이후, 더이상 유전자와 그 산물의 관계를 일대일로 단정짓기 어렵게 만드는 발견들이 이어지기 시작한다.

 

우선 하나의 단백질을 만드는 DNA절편이 단백질로 번역되는 엑손(exon)과 그렇지 않은 인트론(intron)으로 나뉘어 있다는 사실이 발견된다. 분자유전자 관점에서 하나의 유전자라 할 수 있는 엑손이 유전자라 할 수 없는 인트론과 연접해 있다는 사실과 더불어, 이러한 엑손들이 대체 스플라이싱(alternative splicing) 을 통해 다양한 조합의 단백질을 구성할 수 있다는 사실이 발견된다. 유전자라는 개념은 엑손과 인트론을 모두 포함하는 DNA절편으로 확장된다.

 

더욱 흥미로운 사실은 하나의 미성숙 전령RNA(pre-mRNA)안에서 벌어지는 선택적 스플라이싱 외에도 두 개 이상의 미성숙 1차 전령 RNA들이 다른 유전자끼리도 서로의 엑손을 조합할 수 있다는 실험결과들이 발견됐다는 점이다.

지금까지는 하나의 같은 유전자 에서 엑손 위치만 바꾸거나 서로 잘라 붙였다. 하지만 더 혼돈스러운 것은 유전자 일부분의 무작위 조각을 다른 유전자 서열 일부분에 무작위로 끼워 넣는 방식이다. 완전 혼돈 그 자체이다. 그리고 인트론을 제거한 성숙한 mRNA 에서도 RNA editing (RNA 편집) 이라 해서 염기서열을 빼거나 다른 염기서열로 치환하는 교정 작업을 한다. 그리고 핵공을 빠져나간다..

  이러한 현상을  트랜스 스플라이싱 (trans-splicing)이라고 부른다.

이것은 원생동물 Protozoan 중 하나인 트리파소노마 Trypanosoma 의 연구에서 발견되었다.

 

트랜스 스플라이싱 (trans-splicing)은 DNA는 두가닥이고 양쪽 방향에서 읽힐 수 있다.  하나의 DNA가닥으로부터 정보를 양쪽에서 읽어들인 후 이를 조합해 다양한 방법으로 단백질을 만들 수 있는 방법이다. 유전자 개념은 한가닥의 DNA에 있는 정보로부터 양쪽 가닥 모두로 확장됐다.

 

siRNA ( small / short interfering RNA ) & MiRNA ( Micro RNA )

 

http://blog.naver.com/alth0808?Redirect=Log&logNo=20105673677

siRNA & Micro RNA

 

RNA 월드와 바이러스의 전사 번역 과정과 촘~ 연관된 부분이다.

 

siRNA & Micro RNA 를 굳이 한국말로 번역하자면 각각 짧은 방해 RNA & 소형 조절 RNA 라고 할 수 있다.

 

siRNA

 

세포는 이중가닥(ds)의 DNA 와 단일가닥 (ss) 의 RNA 를 가지지만 이중가닥 RNA - dsRNA는 가지지 않는다. 만일 ds RNA 가 출현한다면 virus 로 의심하는 유전체 일 것이고 이를 박살내야 한다.

이것을 RNA interference (RNA 방해) 라고 한다.

 

RNA virus 들은 증식을 할 때 중간체인 ds RNA 를 만든다.  보통 한 바이러스에 7~8~10개 정도이 RNA 단편들이 들었다.

여기서 음의 가닥 단편 negative-strand segment 들 은 단백질을 만들 때,

 

RNA 바이러스는 크게 single strand RNA(ssRNA) 바이러스와 double strand RNA(dsRNA) 바이러스로 구분합니다.
그리고 single-strand RNA 바이러스는
다시 positive-strand(양의 가닥)(sense) viruses와 negative-strand(음의 가닥)(sense) viruses로 구분합니다.
positive-strand viruses는 가지고 있는 단일 가닥의 RNA를 mRNA처럼 단백질 합성의 주형으로 곧바로  사용할 수 있습니다.
negative-strand viruses는 가지고 있는 단일 가닥의 RNA가 mRNA와 상보적인 가닥으로, 이 단일 RNA 가닥을 주형으로
상보적인 (mRNA로서 역할을 할 수 있는)RNA를 합성한 후 필요한 viral-protein을 만들어냅니다.

여기서 ds RNA 를 다이서 (Dicer) 라는 효소가 대략 20bp 정도의 매우 짧은 뉴클레오티드  조각으로 조각조각 내는데 이 조각을 Si RNA 라고 한단당.. 그리고는 이 si RNA 가 단일가닥으로 분리되고 이것이 표적인 바이러스 RNA 를 방해하면서 파괴함.

 

Mi RNA

 

Micro RNA 는 SiRNA 와 비슷한 일을 하면서 단백질 번역을 조절해서 유전자 발현을 조절하는 일을 한다고 최근 연구에서 밝혀졌다.

Si RNA 가 직접 RNA 를 분해하고 방해한다면.. Micro RNA 는 ORF 에서 70 bp 길이의 뉴클레오티드 단편 전구체가 만들지는데 이 전구체가 miRNA 이고 이게 전령 RNA - mRNA 에 붙는다.  그러나 상보 결합이 완전하지 않고 불룩 튀어나오는 부분이 생기면서 번역이 억제된다. Micro RNA 는   Nematoda - Caenorhabditis elegans / C. elegans 예쁜 꼬마선충 에서 처음 발견되었다.

 

 

http://evolbio.tistory.com/50

 

도킨스 의 굴욕 ? 뭐시라 고라? 고라?

유전자 중복, rna 월드, 가유전자, 엑손 셔플링 등.. 분자생물학 증거들은 다 외면하는 창조설자들은

반성해야 합니다.